当前 AutoHotkey 存在有众多分支和版本，在学习之前需要首先选择一个版本开始学习，这取决于您的环境和希望实现的目的。一般情况下，对于中文用户建议选择 AutoHotkey_L 分支的 Unicode 构建。如果有特殊情况，则根据后面的说明选择适合的版本。这里仅简单介绍了 AutoHotkey 历史及当前的主要分支，对于适用于特殊情况的一些分支，如 IronAHK（跨平台）、AutoHotkey.dll（嵌入其他语言）等，请参阅附录。
当前版本
AutoHotkey_L（推荐）
此分支由 Lexikos (Steve Gray) 在原来的 AutoHotkey 代码基础上增加了一些社区用户开发的功能后发展而来，为 AutoHotkey 目前的主分支。AutoHotkey_L 在经典版的基础上增加了许多功能，其中部分重要的功能如下：
原生的 64 位、COM 和 Unicode 支持；
对象（可扩展的关联数组）；
交互式调试功能，受兼容的调试客户端支持；
新的可移植 DllCall 参数类型；
面向对象的文件处理；
#If 表达式 - 与 #IfWinActive 类似，但支持任何类型的表达式；
内置支持菜单图标，同时改进图标支持。
提示：想了解在 AutoHotkey_L 增加的所有功能及变更，请参阅帮助中的兼容性页面。
目前这个分支提供了三种构建：Unicode x86（适用于 32 位和 64 位系统）、Unicode x64（仅适用于 64 位系统）和 ANSI x86（对一些旧脚本具有更好的兼容性）。如果您不清楚该如何选择，建议选择 Unicode x86。
AutoHotkey v2
AutoHotkey v2 由 Lexikos 在 Chris 对 AutoHotkey 未来的计划和 AutoHotkey_L 代码上进行开发，目前仍在测试过程中，AutoHotkey v2 只有 Unicode 构建。它清理了语法，因而产生了破坏兼容性的许多变化。尽管目前含有一些缺陷，不过现在已经可以使用。由于许多细节仍在调整中、功能和语法尚未定型，文档也严重过时，所以目前只适合开发者用于测试的目的。对于大多数用户及常规使用，目前还不推荐安装这个版本。使用这个版本您可能需要在每个新版发布时修改自己的代码，同时也无法使用论坛上大量的脚本。
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AutoHotkey_H
AutoHotkey_H 是由 HotkeyIt 维护的 AutoHotkey_L 的自定义构建。
它实现了多线程，还能用来运行动态 AutoHotkey 代码、在 #Includes 中使用通配符或动态 #Includes、退出所有线程等功能。要了解它在 AutoHotkey_L 基础上增加的功能，请参阅 AutoHotkey_H 文件包中的帮助。
同时还有基于 AutoHotkey v2 的 AutoHotkey_H 版本。
如果您需要那些附加的高级功能，则可以使用这个版本。除了这种情况，您都应该使用 AutoHotkey_L。
IronAHK
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这个分支由 polyethene 和其他贡献者使用 C# 为 .NET 和 Mono 而完全重写以实现 AutoHotkey 的跨平台的分支。使用它您能把脚本编译为平常的 .NET 编译语言，同时增加了像数组、对象和 Unicode 的新功能。需要 .NET 框架或 Mono 才能安装。
将来会如何？IronAHK 目标尚未完成，还处于 Alpha 测试阶段。并且不幸的是，目前开发似乎处于暂停状态。还有许多事情需要做。
尽管这是个有趣的项目，不过当前不建议初学者安装使用。
AutoHotkey Mobile
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用于 Pocket PC、WinCE 和 Smartphone 的 AutoHotkey 分支。
历史版本
AutoHotkey 经典版
这个分支被 Chris Mallett 称之为“AutoHotkey Basic”，在官方论坛中也有一些人称其为“Classic”或“Vanilla”。仔细考虑后，觉得译为“经典版”较为适合它的内涵。
它是由 Chris Mallett 开发的 AutoHotkey 最初版本，在 2009 年更新到 1.0.48.05 版本后停止开发。作者在 2010 年宣布 AutoHotkey_L 为它的后续版本。
注：由于这个版本不支持 Unicode、64位系统及其他重要的特性，同时在遇到 bug 后也无法得到修复以及在论坛上提问较不容易得到支持，所以目前主要是少数老用户及一些旧的脚本在使用。
AutoHotkey.dll
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AutoHotkey.dll 是 AutoHotkey 的动态链接库版本，已更新并包含于 AutoHotkey_H 中。通过它能在 AutoHotkey 中实现多线程或把 AutoHotkey 解释器嵌入其他脚本或语言，这是由于它含有 DLL 接口和 COM 接口，所以可以在脚本或编程语言中执行 AutoHotkey 代码，包括 AutoHotkey_L、AutoHotkey_H、AutoHotkey v2、VBScript, Javascript 等。
AutoHotkeyU
AutoHotkeyU 是由 jackieku 开发的 AutoHotkey_L 修订版本 41，已合并到 AutoHotkey_L。不建议安装此版本。
AutoHotkey64
AutoHotkey64 是由 fincs 开发的 AutoHotkey_L 的 64 位版本，已合并到 AutoHotkey_L。不建议安装此版本，AutoHotkey_L 已经含有 64 位支持。
结论
现在您需要选择一个分支了，就我个人而言，我推荐 AutoHotkey_L Unicode 构建。
本书中的例子基于 AutoHotkey 1.1.07.03 Unicode 构建，一般而言，AutoHotkey_L 的此版本或更高版本，以及其他继承自 AutoHotkey_L 的版本（AutoHotkey_H, AutoHotkey v2 and AutoHotkey_H v2）应该都能运行这些代码。